Cerita Legenda Pendekar Rajawali terpusat kepada kisah petualangan seorang laki-laki muda bernama Kwee Ceng, seseorang yang agak lamban di dalam berpikir namun memiliki kepribadian dan perilaku yang sangat baik. Kwee Ceng tumbuh di Mongolia namun merupakan seorang keturunan Han. Dia menjadi pendukung setia kaisar Song, dan bertekad untuk mencegah invasi Jin dan Mongolia.

Kwee Ceng jatuh cinta kepada Oey yong, anak perempuan Si Sesat Timur, satu dari lima tokoh silat terbesar di masa itu. Dengan kelihaian ilmu silat Kwee Ceng dan kecerdikan Oey Yong, mereka berdua bersama para pendekar lainnya berupaya keras untuk menghadapi serbuan bangsa Mongol. Mampukah mereka ?